Bakgrunn
Covid-19 pandemien har kastet flomlys på hvor avgjørende immunforsvaret er for våre liv sammen med andre. Uten et effektiv tilpasset immunforsvar, som beskytter mot infeksjoner, er vi henvist til å holde avstand til hverandre for å unngå å bli syke.
Tilpasset (eller adaptiv) immunitet er kontrollert av T-celler. Disse cellene er avgjørende for at vaksiner skal virke og for at vi skal bli immune mot mikrober. Hvordan T-celler gjenkjenner og aktiveres av mikroorganismer og endrede kroppsceller er en nøkkel til å forstå hvordan sykdom oppstår og hvordan sykdom kan behandles eller forebygges. Slik innsikt har gitt nye muligheter for å vaksinere pasienter mot kreft og for å hindre at transplanterte organer forkastes.
T-celle aktivering er kontrollert av forbigående protein-protein interaksjoner som aktiveres når T-cellen gjenkjenner sitt antigen. Noen av proteinene har enzymatisk aktivitet, mens andre fungerer som adaptorer som bringer enzymene sammen med sine substrater. Mange adaptor molekyler blir oppregulert etter at T-cellen aktiveres første gang. Signalering i erfarne T-celler kan derfor være annerledes enn i naive T-celler, men på hvilken måte de er forskjellige er dårlig forstått.
Forskningsgruppen har i mange år studert adaptor-molekylet SH2D2A eller TSAd, som er oppregulert i aktiverte T-celler og hukommelses-T-celler. Mus som mangler SH2D2A har T-celler med endret funksjon. TSAd finnes i to vanlige varianter i befolkningen, og det er foreløpig uklart om disse variantene har avvikende funksjon.
Problemstilling
Hvordan kan adaptiv immunitet fininnstilles via adaptor molekylers kontroll av erfarne T-celler?
- Hvilke signaleringsproteiner interagerer med TSAd i erfarne T-celler?
- Hvilke signaleringsveier er påvirket av TSAd-protein-protein -interaksjon i erfarne T-celler?
- Hvordan påvirker genetisk variasjon TSAd’s funksjon i erfarne T-celler
Mål og metode
I dette forskerlinjeprosjektet vil du få kartlegge på molekylært nivå hvordan T-celler blir aktivert.
Vi benytter en lang rekke genteknologiske, molekylærbiologiske og immunologiske metoder for å undersøke hvordan TSAd og andre adaptor-molekyler påvirker T-cellenes funksjon in vitro:
- CRISPR-genredigering har vi laget en serie med cellelinjer, der TSAd og Lck er mutert.
- I samarbeid med forskere ved Mat. Nat. fakultetet benytter vi såkalt kjerne magnetisk resonans spektroskop (NMR) for å studere TSAd sine interaksjoner med andre proteiner.
- Vi har også mus som mangler genet for TSAd, som vi undersøker for hva som skjer i in vivo når T-cellene mangler TSAd.
Studentens arbeidsoppgaver
Studenten vil delta i alle deler av forskningsprosessen, inkludert å planlegge og utføre laboratorieforsøk, skrive artikler og søknader og gi presentasjoner av forskningsarbeidet på vitenskapelige møter og gjennom populærvitenskapelige foredrag.
Av aktuelle laboratoriemetoder som studenten vil bruke i prosjektet kan nevnes:
- Genredigering ved hjelp av CRISPR-cas9
- Analyse T-celler ved hjelp av avansert flowcytometri.
- In vitro amplifisering og kloning av DNA.
- Transfeksjon av DNA inn i eukaryote og prokaryote celler.
- Mikroskopering av transfekterte celler.
- Produksjon av rekombinant protein.
- Immunpresipitasjon og pulldown forsøk.
- Gelelektroforese og immunoblotting
Om forskningsmiljøet
Hos oss vil du få god innsikt i immunologi, et fagfelt som har stor klinisk relevans, og som du vil komme i kontakt med nærmest i alle kliniske spesialiteter. Forskningsgruppen består fortiden av to ph.d.-kandidater, en postdoktor, en ingeniør og en ERASMUS-student. Vi er del av et større hyggelig og aktivt forskningsmiljø, med tre andre forskningsgrupper ved immunbiologisk laboratorium.
Velger du et prosjekt hos oss, vil du langt på vei kunne være med på å bestemme selv hvilken retning prosjektet vil ta. Vi har god erfaring med forskerlinjestudenter fra tidligere. Du vil få entusiastisk veiledning og mye oppmuntring underveis i prosjektet av forskere som selv har vært studentforskere.
I løpet av prosjektperioden, vil det også være gode muligheter for kortere utenlandsopphold hos en av våre samarbeidspartnere i England, Tyskland eller USA.