Disputas: Akshay Shah - Bioinformatikk

M.Sc. Akshay Shah ved Institutt for medisinske basalfag vil forsvare sin avhandling for graden philosophiae doctor (ph.d.): Chromatin states and architecture during stem cell differentiation: analyses and predictions.

Prøveforelesning

Se prøveforelesning.

Bedømmelseskomité

  • 1. opponent: Professor Yijun Ruan, The Jackson Laboratory of Genomic Medicine, Farmington, USA
  • 2. opponent: Professor Pål Sætrom, Department of Computer and information Science, NTNU, Trondheim
  • 3. medlem av bedømmelseskomiteen: Førsteamanuensis Manuela Zucknick, Avdeling for biostatistikk, Institutt for medisinske basalfag, Det medisinske fakultet, Universitetet i Oslo

Disputasleder

Professor Arne Klungland, Seksjon for biokjemi, Institutt for medisinske basalfag, Det medisinske fakultet, Universitetet i Oslo

Hovedveileder

Professor Philippe Collas, Seksjon for biokjemi, Institutt for medisinske basalfag, Det medisinske fakultet, Universitetet i Oslo

Sammendrag

Denne avhandlingen formidler en molekylær karakterisering av fettstamceller og dens spesialisering (differensiering) til fettceller. Dette arbeidet er viktig fordi fettcelle dysfunksjon er årsaken til sykdommer som diabetes, fedme og lipodystrofier. Arbeidet fokuserer på epigenetiske mekanismer (prosesser som regulerer genuttrykk) og endringer i gen aktivitet da stamceller differensierer til fettceller. Vi finner svært dynamiske epigenetiske endringer skjer i gener i overgang fra lav aktivitet til høy aktivitet. I tillegg, regioner i genomet med merkelapper for både inaktive og aktive regulatoriske områder (som sammen bremser genuttrykk) er de mest dynamiske under differensiering. Vi viser også at genomet gjennomgår store endringer i dens forbindelse til filamenter i periferien av cellekjernen under differensiering. Disse filamentene heter laminer. Disse funnene er viktige fordi genetiske mutasjoner i laminproteiner gir opphav til svært alvorlige metabolske sykdommer from f. eks tidlig aldring eller lipodystrofier som oftest fører til hjertesvikt. Vi har spesielt funnet en molekylær forbindelse mellom laminproteiner og en bestemt epigenetisk modifikasjon i genomet. Denne modifikasjon er følsom for glukosenivået i cellen. Siden interaksjoner mellom genomet og laminproteiner påvirker direkte den 3-dimensjonelle organisering av kromosomer, vår funn betyr at denne strukturelle organiseringen kan påvirkes av cellens metabolsk tilstand. Arbeidet vårt fører derfor til en bedre forståelse for fettstamcelle funksjon og metabolisme og metabolske sykdommer. Dette arbeidet kan også føre til økt forståelse for effekten av genetiske mutasjoner knyttet til sykdommer. Mange slike mutasjoner ligger utenfor gener. Vi har derfor utviklet en metode som kan forutsi mulige koblinger mellom mutasjoner i områder mellom genene og genuttrykk- og dermed kanskje sykdom. Denne avhandlingen formidler informasjon og nye metoder som kan bidra til identifisering og behandling av en rekke metabolske lidelser.

Kontaktperson

For mer informasjon, kontakt Dag Aalvik.


 

Publisert 3. des. 2015 09:25 - Sist endret 4. des. 2015 10:07