Bedømmelseskomité
1. opponent: Professor Mats Rudemo, Matematisk statistikk, Chalmers tekninske høyskole.
2. opponent: Professor Inge Jonassen, Institutt for informatikk, Universitetet i Bergen.
3. medlem av bedømmelseskomitéen: Professor Torill Sauer, Patologisk anatomisk avdeling, Fakultetsdivisjon Ullevål universitetssykehus.
Leder av disputas: Professor II Steinar Aamdal, fagområde klinisk kreftforskning, Fakultetsdivisjon Det norske radiumhospital.
Veileder: Eivind Hovig, Avdeling for tumorbiologi, Det norske radiumhospital.
Sammendrag
To temaer innen funksjonell genomikk har blitt undersøkt. DNA ble undersøkt gjennom beregning og karakterisering av menneskets DNA-smeltekart (dvs. tendensen til at DNA-dobbelttråden lokalt blir enkelttrådig ved temperaturforandringer). RNA ble undersøkt i en omfattende sammenlikning av transkripsjonsprofileringsteknologier. De teknologiene som ble undersøkt var mikromatriser, seriell amplifisering av genekspresjon (SAGE) og massiv parallell signatursekvensering (MPSS), som alle gir globale mål for mRNA-nivåene i celler og vev. Undersøkelsen av DNA-denaturering antas å være svært viktig for å oppnå bedre forståelse for den dynamikk som er nødvendig i DNA for transkripsjon av gener, og også i replikasjon av DNA. Vi har levert den første fullstendige beregningen av menneskets smeltekart, og har også vist at kartet inneholder mye mer informasjon enn det sekvensen alene kan gi. Vi viser at korrelasjonen mellom smeltekartet og sekvenssammensetningen synker når en ser på sekvenslengder under fem hundre basepar. Vi viser også at ulike retninger innen bioinformatikk kan trekke veksler på våre funn, ved forbedringer av databaserte metoder for identifisering av genplassering og transkripsjonskontroll.
Med både hybridiseringsbaserte og sekvenseringsbaserte teknologier tilgjengelige for transkripsjonsprofilering, er det av stor viktighet å sikre at disse er sammenliknbare, fordi metodene alle er ment å angi antall mRNA-transkripter i celler og vev. Systematisk sammenlikning av transkriptomer med 10 ulike plattformer gjorde at vi kunne konkludere at alle disse teknologiene kan gi gode data og god konsistens på tvers av plattformene. Forutsetningen for dette er at eksperimentelle protokoller og prosedyrer for dataanalyse er standardiserte. Vi kunne også vise fordelene ved å utnytte sekvensinformasjonen ved mikromatriseanalyse. Våre funn eleminerer tvil og nøling knyttet til bruk av mikromatrisedata, og oppfordrer både industrien og akademisk biomedisinsk forskning til å utvikle nødvendig standardisering og maksimal informasjonsutveksling innen dette feltet.
Kontaktperson
For mer informasjon, kontakt Siri Fjeld.