Bedømmelseskomité
1. opponent: Professor Frank Glökner, Dept. of Molecular Ecology, Max Planck Institute for Marine Microbiology, Bremen, Tyskland
2. opponent: Professor Ingolf Nes, Institutt for kjemi, bioteknologi og matvitenskap, UMB, Ås
3. medlem av bedømmelseskomitéen: Professor Vessela Kristensen, Inst. for klinisk epidemiologi og molekylærbiologi (Epi-Gen), Fakultetsdivisjon Ahus, UiO
Leder av disputas: Professor Tore Jahnsen, Avdeling for biokjemi, Institutt for medisinske basalfag, UiO
Veileder: Professor Torbjørn Rognes, Seksjon for molekylærbiologi, Mikrobiologisk institutt, Fakultetsdivisjon Rikshospitalet
Sammendrag
Ribosomale RNA-molekyler danner sammen med en bestemt gruppe proteiner ribosomer. Ribosomer er ansvarlig for all proteinproduksjon i den levende cellen og ribosomale RNAer (rRNAer) er dermed til stede i alle organismer. Sekvensen til ett av disse genene har derfor blitt mye brukt for å finne ut av slektskapsforholdet mellom organismer, og til identifisering av organismer. Samtidig med kartleggingen av det menneskelige arvestoffet har arvestoffet til mange andre organismer også blitt kartlagt. Dette dreier seg i stor grad om mikroorganismer, og da ofte bakterier som kan gi sykdom. I vårt arbeid med rRNA-genene oppdaget vi at i flere organismer var disse genene enten unøyaktig oppgitt eller ikke kartlagt. Det var et behov for et systematisk verktøy for å finne disse genene og vi utviklet programmet RNAmmer som gjør oss istand til å finne rRNA-gener på en rask og nøyaktig måte. Dette programmet ble brukt for å lokalisere RNA-genene i alle mikroorganismer hvor arvestoffet er kartlagt. Det er kjent at rRNA-gener ofte produseres fra en sammenhengende region i DNA-tråden, og dette ble bekreftet av våre data. De kan også forekomme i flere kopier, og vi fant blant annet en tendens til at organismer som vokser raskt har flere kopier og gjerne også plasserer dem nært der kopieringen av DNA-tråden begynner. Vi undersøkte også forskjellene i sekvens mellom disse kopiene. Vi fant i noen organismer store forskjeller i rRNA-sekvens, forskjeller som var større enn de sett mellom arter. Et medfølgende problem var at vi fant rRNA-sekvenser som lignet mer på sekvenser i andre organismer enn de gjorde på sekvenser fra samme organisme. Vi fant også tilfeller av arter som hadde identiske rRNAer. Da forskjeller i sekvens brukes for å skille mellom forskjellige arter, vil nevnte tilfeller kunne vanskeliggjøre klassifikasjon basert på disse genene.
Kontaktperson
For mer informasjon, kontakt Elisabeth Kolflaath Semprini.