Bedømmelseskomité
1. opponent: Professor André G. Uitterlinden, Genetic Laboratory, Department of Internal Medicine, Erasmus Medical Centre, Rotterdam, Nederland
2. opponent: Professor Hans E. Krokan, Institutt for kreftforskning og molekylær medisin, NTNU, Trondheim
3. medlem av bedømmelseskomitéen: Professor Anne Spurkland, Avd. for anatomi, Institutt for medisinske basalfag, UiO
Leder av disputas: Professor Eirik Frengen, Klinikk for diagnostikk og intervensjon, Institutt for klinisk medisin, UiO
Veileder: Førsteamanuensis Torbjørn Rognes, Institutt for informatikk, UiO
Sammendrag
Er det ytre eller indre krefter som bidrar mest til menneskenes variasjon i arvemassen?
Siv.ing. Sigve Nakken har brukt en rekke bioinformatiske metoder for å kartlegge hvordan genetiske varianter fordeler seg i arvematerialet vårt. Det menneskelige arvemateriale består av nær tre milliarder kjemiske basepar. Rekkefølgen av disse ble først kartlagt i 2001. Etter at denne milepælen ble nådd har et viktig fokus i forskningsfronten vært rettet mot identifikasjon av genetisk variasjon, det vil si å finne de posisjoner i vårt arvemateriale hvor mennesker er genetisk forskjellige. Drevet frem av stadig bedre bioteknologi har man nå klart å identifisere nær 20 millioner baseparvarianter i befolkningen. Et av hovedmålene for dagens genetiske forskning er å forstå i hvilken grad baseparvariantene bidrar til sykdom. Et annet sentralt aspekt er forståelsen av hvordan variantene oppstår i utgangspunktet, med andre ord hvordan punktmutasjoner oppstår i kjønnscellene våre og formidles videre til våre avkom. Selv om man vet at både eksogene (dvs. ytre miljøfaktorer) og endogene mekanismer (dvs. cellene og deres apparatur) påvirker mutasjonsforekomsten, er man usikker på deres relative bidrag til det totale mutasjonsspekteret. I sin avhandling ”Inference of molecular mechanisms from sequence patterns in human DNA variation” har Sigve Nakken og hans medarbeidere påvist signifikante ”sekvenssignaturer” rundt kjente genetiske varianter i det menneskelige genom. Dette betyr at genetiske varianter ikke er tilfeldig fordelt i DNA-sekvenser, men heller er overrepresentert i noen sekvenser og underrepresentert i andre. Videre har Nakken forsøkt å forklare de observerte mønstrene ut fra kjente endogene mekanismer med mutasjonspotensial. Et sentralt funn i arbeidet er påvisning av en sterk korrelasjon mellom fysiske egenskaper ved DNA og signaturene til de mutasjonene som observeres. Blant øvrige funn viser Nakken også at store dupliserte regioner i genomet ikke skiller seg nevneverdig fra unikt DNA med hensyn på spekteret av de mutasjoner som kan påvises.
Kontaktperson
For mer informasjon, kontakt Elisabeth Kolflaath Semprini.