Bedømmelseskomité
1. opponent: Professor Inge Jonassen, Institutt for informatikk, Universitetet i Bergen
2. opponent: Dr. Outi Monni, Institute of Biomedicine, University og Helsinki, Finland
3. medlem av bedømmelseskomitéen: Professor Bjørn Skålhegg, Avdeling for ernæringsvitenskap, IMB, Universitetet i Oslo
Leder av disputas: Professor Jon Storm-Mathisen, Avd. for anatomi, IMB, Universitetet i Oslo
Veileder: Førsteamanuensis Torbjørn Rognes, Institutt for informatikk, Universitetet i Oslo
Sammendrag
Skreddersydde høyoppløselige mikromatriser for deteksjon av DNA-skader og DNA-reparasjon
Bioinformatiker Gard Thomassen har designet mikromatriser og tilhørende analysemetoder samt demonstrert nytteverdien av disse ved å detektere DNA-reparasjonssystemer og DNA-skader. Høyoppløselige mikromatriser for parallell massekartlegging av genekspresjon har inntil nylig kun vært tilgjengelig i gitte format. Thomassen har i sin avhandling - Design, analysis and applications of custom high-density oligonucleotide microarrays - utviklet metoder for spesialdesign og analyse av høyoppløselige mikromatriser.
Ved å spesialdesigne mikromatriser og analysemetoder har Thomassen med flere kunnet måle det totale genuttrykket i bakterien Escherichia coli i både normal og skadet tilstand, for å kartlegge aktiverte DNA-reparasjonsmekanismer. DNA-skadene som ble påført bakterien kan oppstå daglig i den virkelige verden. Kunnskap om DNA-reparasjon i modellorganismer som E. coli kan (i mange tilfeller) overføres til menneskelige DNA-reparasjonssystemer, hvilket er interessant i forbindelse med sykdommer grunnet feil i DNA-reparasjonssystemer.
Videre har Thomassen og medarbeidere spesialdesignet en mikromatrise for deteksjon av kreftspesifikke fusjonsgener. Fusjonsgener kan i visse krefttyper brukes til å subgruppere krefttypen, og derved blant annet gi klare indikasjoner på hvilken behandling som bør benyttes. I dag er deteksjon av slike fusjonsgener meget tid- og ressurskrevende. En generell fusjonsgen-mikromatrise og tilhørende analyse-algoritmer har blitt utviklet for massescreening etter kjente fusjonsgener hos kreftpasienter. I et blindet studie har Thomassen med flere vist at de på en raskere og billigere måte kan detektere fusjonsgener med lik sensitivitet og større spesifisitet enn med dagens etablerte metoder. Deteksjonsverktøyet er per i dag under videreutvikling og forsøkes patentert og kommersialisert, som et fremtidig diagnoseverktøy, gjennom Medinnova AS.
Kontaktperson
For mer informasjon, kontakt Elisabeth Kolflaath Semprini.