Bedømmelseskomité
1. opponent: Head of Bioinformatics Jacques Colinge, Research Center for Molecular Medicine of the Austrian Academy of Sciences, Wien, Østerrike
2. opponent: Associate Director Francis Ouellette, Ontario Institute for Cancer Research, Toronto, Ontario, Canada
3. medlem av bedømmelseskomitéen: Professor Inger Sandlie, Institutt for molekylær biovitenskap, Universitetet i Oslo
Leder av disputas
Professor Bjørn Steen Skålhegg, Institutt for medisinske basalfag, Universitetet i Oslo
Veileder
Professor Eivind Hovig, Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet, Universitetet i Oslo
Sammendrag
Det er mange forskjellige proteiner som virker sammen når menneskets celler skal utføre sine varierte oppgaver i kroppen. Protein-samvirket utgjør komplekse nettverk som er aktive når for eksempel cellene spesialiseres, når de reagerer på signaler fra miljøet og når de skal vokse. Clancys doktorgradsarbeid beskriver utviklingen av bioinformatiske metoder for å systematisere ulike nettverkstyper. Han har særlig lagt vekt på analyse og oppdagelse av regulatoriske nettverk knyttet til kreftsvulsters samspill med immunologiske prosesser i kroppen.
Clancy og medarbeidere utviklet en nettverksmodell for å fange de vesentligste elementene i spesialisering av immunologiske T-hjelper-celler (Th-celler). Modelleringen ble utført ved hjelp av en logisk, såkalte Boolsk, modell, som muliggjorde simulering av cytokin-respons i naive, umodne T-hjelper-celler. Simuleringene viste at det var mulig å finne karakteristiske Th1- og Th2-subtyper av T-hjelper-celler. Det beskrevne nettverket, og beregningsforsøk der perturbasjoner i nettverket ble simulert, viste at den klassiske dikotomien i to subgrupper, Th1 og Th2, ikke ble støttet, men at de heller støttet opp om et nyere syn der Th-celler kan anta flere former, og være mer plastiske i sin respons på ulike signaler. Clancy og medarbeidere utviklet ved digital behandling av den samlete biomedisinske litteraturen videre en metode for å angi et måltall for effekten av alle gener på immunsystemet. Måltallet ble så anvendt for å tolke eksisterende data for genuttrykk i hudkreftsvulster for å se på samspillet mellom immunologi og kreftsvulst i denne kreftgruppen. Clancy og medarbeidere utviklet også en annen metode for å se på protein-nettverk, ved å se på høyere ordens organisering når proteinkomplekser betraktes som molekylære maskiner. Det viste seg å være mulig å forutsi mye av samspillet mellom disse maskinene, eller proteinkompleksene, og nettverket av molekylære maskiner viste også en forventet organisering.
Dette doktorgradsarbeidet beskriver en utvikling fra dagens grunnleggende evne til å simulere en cellulær prosess og mot muligheten til å utlede og bedre forstå cellenes overordnete biologiske prosesser.
Kontaktperson
For mer informasjon, kontakt Natalia Andronova