Prøveforelesning
Bedømmelseskomité
- 1. opponent: Professor Adrienne M. Flanagan, Department of Pathology, University College London, Storbritannia
- 2. opponent: Associate Professor Monica Chiogna, Department of Statistical Sciences, University of Padova, Italia
- 3. medlem av bedømmelseskomiteen: Postdoc Steffan Daniel Bos, Klinikk for kirurgi og nevrofag, Institutt for klinisk medisin, Universitetet i Oslo
Leder av disputas
Professor Tore Jahnsen, Institutt for medisinske basalfag, Universitetet i Oslo
Hovedveileder
Professor Eivind Hovig, Institutt for informatikk, Universitetet i Oslo
Sammendrag
Nye metoder for DNA sekvensering på massiv skala har gjort det mulig å kartlegge individers epigenomiske landskap. Med den nye informasjonen kan sambandet mellom gen ekspresjons og den epigenomiske konfigurasjonen av gen assosierte regioner studeres. Kreft oppstår som en konsekvens av geners forandrede ekspresjon, som i sin tur drives av genomiske og epigenomiske forendringer. Et hoved tema i denne avhandlingen er å teste eksisterende programvarer og utvikle nye skript for integrativ analyse av sådanne førendringer. Deres interaktive påvirkning av gene ekspresjon i osteosarkom (ben kreft) undersøkes for eksempel. Informasjonen brukes i tillegg til å identifisere signalerings nettverk som bidrar til kreft.
En programvare med navnet The Genomic HyperBrowser for manipulering og statistisk analyse av genomisk data har blitt utviklet på Universitetet i Oslo. The GenomicHyperBrowser har, sammen med skript utviklede i det statistiske programspråket R, blitt brukt for å studere beroende av, og velge gener basert på, genomiska, epigenomiska og transkriptomiska førendringer i prøver ifra osteosarkom og immun celler.
Gen ekspresjon, promoter metylering og DNA kopitals data ble innhentet med oligonukleotid mikromatris teknologi, og histon modifikasjons data ble innhentet med teknologi basert på kromatin immunoprecipitation og andre generasjons sekvensering (ChIP-seq).
Vid analysen av osteosarkom bruktes en metode basert på seleksjon av gener med førendret expression som også er annotert med genomisk og/eller epigenomisk førendring i minst et minimum av analyserte prøver.
Ved analysen av immunceller, ble en statistisk test utviklet og brukt for å påvise en assosiasjon mellom antallet histone modifiseringer i gen promoter og genens aktivitet.
Et verktøy som muliggjør bruket av programvare for klustring av gen ekspresjons data på epigenomisk data ble også utviklet.
Kontaktperson
For mer informasjon, kontakt Kari-Anne Bjørnerud