Prøveforelesning
Bedømmelseskomité
- 1. opponent: Senior Research Associate Brent Pedersen, University of Colorado Denver, School of Medicine, USA
- 2. opponent: Professor Nicholas Luscombe, University College London, England
- 3. medlem av bedømmelseskomiteen: Professor Philippe Collas, Avdeling for biokjemi, Institutt for medisinske basalfag, Universitetet i Oslo
Leder av disputas
Professor Jan Øivind Moskaug, Avdeling for biokjemi, Institutt for medisinske basalfag, Universitetet i Oslo
Hovedveileder
Professor Eivind Hovig, Institutt for informatikk, Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet, Universitetet i Oslo
Sammendrag
Forsker og sivilingeniør Sveinung Gundersen har, i et arbeidslag med informatikere, biologer og statistikere, utviklet «The Genomic HyperBrowser» (http://hyperbrowser.uio.no), et web-basert sett med analysemuligheter for spørsmål om funksjonelle sammenhenger mellom ulike DNA-sekvenser, og deres iboende biologiske egenskaper.
Selv om sekvensen av menneskets arvemasse, eller genomet, ble kunngjort i 2003, var det samtidig lite informasjon tilgjengelig om hvilke funksjoner de ulike delene utøvet. I de siste ti årene har massive datamengder blitt publisert med mål om å få innsikt i sammenhengen mellom sekvens og biologiske funksjoner. Oppgaven har dermed nå i stor grad blitt å finne organiserende prinsipper i disse datamengdene. I denne avhandlingen presenteres programvaren «The Genomic HyperBrowser», som legger til rette for statistiske analyser av DNA-relaterte datasett for å svare på spørsmål om funksjon og organisasjon. En rekke nye hypotesetester og statistikker for genomiske data er utviklet for systemet. Ikke minst kan systemet meningsfullt analysere områder som tidligere ble kalt junk DNA, men som senere har vist seg å være svært viktige.
Årsaken til eksplosjonen av eksperimentelle data ligger ikke minst i utviklingen av teknologi for høykapasitets-sekvensering, som nå gjør det mulig å foreta detaljert kartlegging av bl.a. mutasjoner, genregulering, epigenetikk, og kveiling av DNA i cellekjernen. For å forstå ulike sykdommer, som f.eks. kreft, er det nødvendig å trekke ut kunnskapskjernen fra slike datasett.
Ved å representere data langs DNA-sekvensen prinsipielt og med et tilhørende generisk filformat, paret med et stort utvalg verktøy for å undersøke data og teste hypoteser, har det latt seg gjøre å utvikle et system med tilstrekkelig fleksibilitet og hastighet til å utforske et bredt spekter av avanserte genomiske problemstillinger. Systemet er i dag i bruk av forskere fra hele verden for å svare på de mange genomiske spørsmål som ennå står ubesvarte.
Kontaktperson
For mer informasjon, kontakt Kari-Anne Bjørnerud