Prøveforelesning
Bedømmelseskomité
- 1. opponent: Assistant Professor Joseph Pickrell, Columbia University, Ney York, USA
- 2. opponent: Professor Pål Sætrom, Institutt for kreftforskning og molekylær medisin, Det medisinske fakultet, NTNU, Trondheim
- 3. medlem av bedømmelseskomiteen: Professor Benedicte Alexandra Lie, Avdeling for medisinsk genetikk, Klinikk for diagnostikk og intervensjon, Institutt for klinisk medisin, Universitetet i Oslo
Leder av disputas
Professor emeritus Morten Vatn, Institutt for klinisk medisin, Universitetet i Oslo
Hovedveileder
Professor Vessela N. Kristensen, Avdeling for klinisk molekylærbiologi, Klinikk for indremedisin og laboratoriefag (Ahus), Institutt for klinisk medisin, Universitetet i Oslo
Sammendrag
Nye metoder for studier av hittil ukjente genprodukter i brystkreft pasienter
I sin avhandling ”Next-generation sequencing of non-canonical biological systems in breast cancer” har Sunniva Bjørklund sett på uttrykk av hittil ukjente genprodukter i tumorer fra brystkreft pasienter. Mange av disse genproduktene viste ulikt uttrykk i forskjellige undergrupper av brystkreft, og kan dermed bidra til bedre forståelse av hva som skiller disse gruppene fra hverandre. De alternative genproduktene kan dermed benyttes som markører for ulike undergrupper, og kan potensielt være nye mål for terapi.
Spleisevarianter er genprodukter som består av deler eller ulik sammensetning av tidligere kjente gener. I tillegg uttrykker celler gener hvis produkter ikke oversettes til proteiner, lange ikke-kodende RNA molekyler (lncRNA). Disse har vært vanskelig å identifisere tidligere, men ny teknologi har gjort det mulig å studere disse underklassene av genprodukter i stor skala. I denne avhandlingen viser Bjørklund og kollegaer at mange lncRNA molekyler uttrykkes ulikt i forskjellige underklasser av brystkreft. I tillegg ble det etablert en ny metode for å identifisere deler av kjente gener som var ulikt uttrykt i ulike kliniske underklasser.
Et alternativt produkt av genet ACOX2 viste stor forskjell i uttrykk mellom tumor og normalt vev. Den alternative varianten var mest uttrykt i selve svulsten, og pasienter som uttrykte denne varianten hadde bedre overlevelse enn de med lavt uttrykk av dette genproduktet.
I tillegg inneholder studien en analyse av mitokondrielt DNA fra brystkreft pasienter. Ved å sammenligne mtDNA fra svulsten med normal prøver fra samme pasient så man at det skjedde en seleksjon av mtDNA varianter i svulstene.
Studien viser at det er viktig å inkludere disse nye klassene av genprodukter når man undersøker underklasser av brystkreft. Spleisevarianter, lncRNA og mtDNA varianter kan benyttes som biomarkører og representerer mulige nye mål for terapi.
For mer informasjon
kontakt Gruppe for forskerutdanning