Vår hypotese er at ved å kombinere transkriptomikk- og proteomikkanalyser vil vi kunne avdekke regulatoriske mekanismer for cellulære funksjoner og signalveier som er viktig for sykdomsutvikling – mekanismer som potensielt ikke oppdages ved analyse av kun ett molekylært nivå.
Vi benytter eksperimentelle metoder og beregningsbaserte analyser av molekylære data fra tumorbiopsier, PDX-avledede cellelinjer og flytende biopsier. Dataene vil bli brukt ved testing av kreftcellers legemiddelfølsomhet for å utforske hvordan behandlingsrespons knyttes til subtyper.
En annen målsetning er å avdekke sammenhengen mellom biologiske signalveier av klinisk betydning, inkludert metabolske endringer i tumor og sirkulerende metabolitt-profiler.
Vi vil utforske den kliniske betydningen av sirkulerende cellefritt DNA i plasma hos pasienter med primær operabel, borderline, lokalavansert (dvs. NorPACT-2 og NorPACT-3 kliniske studier) og metastatisk bukspyttkjertelkreft (i samarbeid med arbeidspakker "Kirurgi" og "Sirkulerende tumor-DNA").
Molekylære data korreleres også til svulstenes morfologiske heterogenitet (i samarbeid med arbeidspakke "Patologi").
Samarbeidspartnere
- Knut Jørgen Labori (arbeidspakke «Kirurgi»), OUS/UiO
- Caroline Verbeke (arbeidspakke «Patologi»), UiO/OUS
- Kjetil Tasken (arbeidspakke «Medikament-screening»), OUS/UiO
- Oddmund Nordgård (arbeidspakke «Sirkulerende tumor-DNA»), SUS
- Janne Lethio (Proteomikk), Karolinska Institutet
- Bjørn Skålhegg (Metabolisme, aminosyreprofiler), UiO
- Gry Aarum Geitvik (Flytende biopsier), OUS
- Ole Christian Lingjærde (Statistikk), UiO