Ludvig M. Sollids gruppe har etablert et forskerutvekslings-program for doktorgrads-stipendiater og postdoktorer. Det ble etablert etter tildeling av verdensledende forskningsmiljø for tre år siden, og skal gi økt interaksjon med internasjonale forskningsmiljøer og bedret utveksling av kompetanse. Nå bærer satsningen frukter.
En av dem som har benyttet muligheten er doktorgradsstudent Ida Lindeman. Hun har besøkt Wellcome Sanger Institute i Cambridge.
Besøk i sekvenseringens Mekka
Lindeman forsker på B-celler som er involvert i cøliaki. Hun sekvenserer et av proteinene de produserer, antistoffet, men for å kunne analysere sekvensene måtte hun utvikle ny software.
«Før jeg dro til Cambridge kunne jeg absolutt ingenting om programmering og ekstremt lite om bioinformatikk», sier Lindeman. Det skulle det bli en endring på. Som en del av Sarah Teichmanns gruppe på Sanger-instituttet ble hun del av et miljø som er eksperter på sekvensering. Hun ble også veiledet av han som lagde forløperen til programvaren hun selv har utviklet. «Det å bli veiledet av en person som kjenner programmet jeg tok utgangspunkt i ut og inn, og som også tidligere har vært laboratorieforsker, var helt ideelt», fortsetter Lindeman.
Sekvensering og analyse av antistoffer
Tilbake i Ludvig M. Sollids gruppe i Oslo bruker Lindeman programmet hun utviklet til å undersøke B-celler fra cøliakipasienter.
Hun sekvenserer alt som er aktivt i bruk i cellene, men er spesielt interessert i antistoffene. Den nye softwaren hun har utviklet gjør det mulig å undersøke nye aspekter ved immunresponsen mot gluten.
Når B-celler reagerer på gluten (eller noe annet) vil de begynne å dele seg. Man får da en klon av datterceller som produserer det samme antistoffet som morcellen. Denne delen av prosessen kan analyseres ved hjelp av allerede eksisterende software. Men så kommer det som er helt spesielt for B-cellekloner. Dattercellene vil nemlig videreutvikle seg, og antistoffene de produserer vil ikke lenger være identiske. Her ligger utfordringen som sendte Lindeman til Cambridge.
For hvordan vet man hvilke celler som er datterceller fra samme klon? Og hvordan skiller man dem fra de andre glutenspesifikke cellene? Lindemans nye software kan analysere seg frem til dette.
Dette er forskning Lindeman nå er i gang med. «Det blir veldig spennende å se om resultatene fra mine eksperimenter sammen med prosjektene til andre medlemmer i gruppa kan gi ny innsikt i hvilken rolle disse cellene har i cøliaki», forteller hun.
Det beste fra to verdener
Lindemans programvare er ikke bare nyttig i studier av cøliaki og glutenspesifikke B-celler. Den kan like gjerne brukes til å analysere sekvenser av andre B-celler og plasmaceller, hvis man trenger gode sekvenser av de områdene som endrer seg i dattercellene og informasjon om hvilke celler som er i slekt.
Besøket i Cambridge har vært helt essensielt. Wellcome Sanger Institute har sekvensering som spesialfelt, og mange av metodene Lindeman leste seg opp på var utviklet av forskere som befant seg på campus.
«Utvekslingen til Cambridge har rett og slett gitt meg det beste fra to verdener - teknisk ekspertise i Cambridge og mer biologisk, sykdomsrettet ekspertise her i Oslo», avslutter Lindeman.
Publikasjon
- BraCeR: B-cell-receptor reconstruction and clonality inference from single-cell RNA-seq. Nature Methods, vol. 15, p. 563–565 (2018).