Instituttleder
Dag Kvale har det øverste ansvaret for instituttets forskning, undervisning, formidling og innovasjon. Instituttleder rapporterer til dekan ved Det medisinske fakultet.
Nestledere
Shuo-Wang Qiao er stedfortreder og nestleder for den del av virksomheten som foregår ved Oslo universitetssykehus.
Torbjørn Omland er nestleder og har det daglige ansvaret for instituttets virksomhet ved Akershus universitetssykehus.
Administrasjonssjef
Administrasjonssjef Astrid Aksnessæther rapporterer til instituttleder. Administrasjonssjef leder sekretariatet ved Klinmed og har ansvaret for de administrative funksjonene og ressursene ved instituttet.