Kan du fortelle meg litt om deg selv: hvor er du fra, og hva er din akademiske bakgrunn?
Jeg kommer opprinnelig fra Menorca, en liten spansk øy i Middelhavet. Før jeg begynte å studere ved universitetet, tok jeg en grad som datatekniker og innen kommersiell dykking på Tenerife, ved det som tilsvarer en spansk ekvivalent av Høyskole. Etter det flyttet jeg til Barcelona for å ta en bachelorgrad innen biomedisin ved University of Barcelona, der vi fokuserte på den molekylære basisen for sykdomsutvikling og jeg fikk opplæring i laboratoriearbeid. Jeg dro deretter på Erasmus-opphold til en forskningsgruppe innen systembiologi i Trondheim, der jeg jobbet som forskningsassistent mens jeg tok en mastergrad i bioinformatikk og biostatistikk. Etter at jeg var ferdig, kom jeg til Oslo for å jobbe med doktorgraden min ved Anthony Matheliers lab.
Hva er bakgrunnen for doktorgradsprosjektet ditt, og hvilke spørsmål håpet du å finne svaret på?
Doktorgraden min tok for seg bioinformatiske studier av transkripsjonsregulering. Transkripsjonsregulering er en prosess som gjør at celler kan kontrollere hvilke deler av DNA-et deres som aktivt blir transkribert til et produkt, til enhver tid. Transkripsjon av DNA blir satt i gang av en gruppe proteiner som kalles transkripsjonsfaktorer. Transkripsjonsfaktorer kan binde til deler av DNA-et kalt cis-regulatoriske regioner, som påvirker når og hvor et gen skal transkriberes. Kombinasjonen av aktive/inaktive transkripsjonsfaktorer og DNA-et de binder til, avhenger av celletypen og cellens tilstand.
Samspillet mellom cis-regulatoriske regioner og transkripsjonsfaktorer står sentralt innen transkripsjonsregulering. For å bedre forstå dette samspillet, jobbet jeg med de seneste oppdateringene av JASPAR- og UniBind-databasene. JASPAR-databasen gjør det mulig å modellere hvilke DNA-sekvenser som bestemte transkripsjonsfaktorer foretrekker å binde til, på tvers av flere taksonomiske grupper. UniBind-databasen inneholder prediksjoner av DNA-sekvenser som bindes av bestemte transkripsjonsfaktorer, såkalte bindingsseter for transkripsjonsfaktorer (TFBS-er).
I den andre delen av doktorgraden min fokuserte jeg på hvordan mutasjoner i cis-regulatoriske regioner kan knyttes til sykdom. Mer spesifikt undersøker vi opphopningen av mutasjoner i cis-regulatoriske regioner i sammenheng med kreft. Jeg jobber for øyeblikket ved Ullevål universitetssykehus for å fullføre dette prosjektet.
Hva var de viktigste funnene fra prosjektet ditt, og hva er deres betydning for dette forskningsområdet?
Med JASPAR- og UniBind-databasene økte vi den nåværende kunnskapen om hvilke sekvenser ulike transkripsjonsfaktorer foretrekker, og hvilke deler av DNA-et de binder til i en gitt kontekst. Denne informasjonen er viktig å ha for å forstå transkripsjonsregulering. For eksempel gir UniBind informasjon om hvilken celletype/vevstype og hvilke eksperimentelle betingelser en gitt TFBS er detektert i. For å gjøre dataene i UniBind mer tilgjengelige utviklet vi et verktøy som forenkler analysen av brukernes data. Blant annet kan UniBinds TFBS-enrichment tool brukes til å studere hvilke transkripsjonsfaktorer som viser en økning i bestemte bindingsseter i brukerens data.
Hva synes du var den mest interessante delen av arbeidet ditt?
Det å utvikle databaser og verktøy som kan være til nytte for andre forskningsmiljøer var noe jeg satte veldig pris på å jobbe med. Selv om det ikke er banebrytende i seg selv, tror jeg denne typen arbeid er svært nyttig for mange andre i deres forskning.
Hvordan har det vært å være PhD-student ved NCMM?
Jeg likte det virkelig! Jeg ble kjent med mange kule mennesker fra hele verden og følte meg veldig støttet gjennom hele perioden. Jeg lærte også mye om balansen mellom arbeid og privatliv ut ifra det jeg så i det norske samfunnet.
Hva er dine fremtidsplaner?
Jeg planlegger å fortsette å jobbe med forskning, men jeg er veldig åpen når det kommer til tema og akademia eller industri. Håpet er å finne en stilling i Sveits for å være nærmere familien (og jeg kommer ikke til å lyve, også nærmere solen).